Lascia perdere Bernardo ... La programmazione è una cosa seria ...
Se vuoi scrivere codice corretto devi porre l'azzeramento della variabile all'inizio dell'evento punteggio_Click prima delle If
Private Sub punteggio_Click(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles punteggio.Click
punti = 0
...
End Sub
e nella riprova_Click queste tre semplici righe
Private Sub riprova_Click(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles riprova.Click
For Each cb In Controls
If TypeOf cb Is ComboBox Then cb.Text = Nothing
Next
End Sub