Io intravedo due soluzioni:
- Un esorcista (sono ironico)
- Prendere atto della micro-differenza tra IDE e Form.Shown, per quanto fastidiosa, e spostare la colonna degli input di una quindicina di pixel verso destra, quel tanto che a form avviato la ultima label non sovrasti l' ultima text box e tu possa aumentare la larghezza dei 2 Buttons quel minimo che il testo non vada a capo.
Per curiosità potresti anche creare ex novo una nuova soluzione con un semplicissimo Form con una sola lunga label con gli stessi caratteri in Font e Dimensione e vedere se anche in quel semplicissimo caso i caratteri delle label differiscono leggermente tra IDE e Form.Show.
Se le lunghezze differiscono allargare il Form e provare con dimensioni diverse dei caratteri per controllare se magari il problema non sia in quella specifica dimensione o magari nel Font.
La cosa che mi dà da pensare, infatti, è che nelle TextBox le larghezze dei caratteri sembrerebbero perfettamente uguali nei due casi… e le dimensioni sembrano maggiori di quelle delle Label.
Certo, sono solo tre cifre e un punto… potresti provare con un maggior numero di cifre per verificare se salta fuori qualche differenza su lunghezze maggiori.