Il TransparencyKey è un colore.
Tutto quello che ha quel colore diventa trasparente.
Private Sub Form1_Load(sender As Object, e As EventArgs) Handles MyBase.Load
Me.BackColor = Color.Gray
Me.TransparencyKey = Color.Gray
TextBox1.BackColor = Color.Gray
TextBox2.BackColor = Color.Red ' non è trasparente
End Sub