Ciao,
come dice y2ksw C/C++ è universale fin quando non utilizzi API di windows (o dll, scritte da te o di terze parti).
Il problema è che in ambiente windows, per creare un'applicazione che non venga eseguita in una finestra di console (tipo MSDOS) si deve più o meno sempre passare dalle API e rendere pertanto l'eseguibile dipendente dalla piattaforma...
Dipende insomma da che tipo di applicativo stai scrivendo, in ogni caso un'applicazione grafica (diciamo basata su finestre) dovrà essere più o meno riscritta se si intende portarla in altri sistemi operativi.
Per rendere invece un'applicazione compatibile con ogni versione di Windows (diciamo dalla 95 in poi... tralasciando la 3.1) basta utilizzare solamente le API standard (su MSDN ogni API indica la sua compatibilità con i vari sistemi, quelle maggiormente utili, purtroppo, sono in genere compatibili 98+ o NT4+).
Ciaociao
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