Non so se ho capito bene,
ma se i record non ci sono, come pensi che possa riuscire ad identificarli con la WHERE?
E' impossibile...
Dovresti usare una sotto-query NOT IN (oppure NOT EXISTS) eseguendo un confronto sulla PK.
Esempio, supponiamo che la PK sia il campo ID dovresti fare qualcosa del genere:
DELETE FROM t1
WHERE t1.ID NOT IN
(
SELECT t2.ID FROM t2
)
Per vedere i record interessati dal mio esempio puoi fare una prova sostituendo DELETE con SELECT * e ti mostra i record che saranno eliminati.
IN (Transact-SQL)
EXISTS (Transact-SQL)