Ciao,
installando l'estensione di Python (non "Code Runner"), ed eseguendo lo script attraverso l'icona in alto a destra, viene aperta un'istanza della shell di sistema (cmd di Windows) dove viene eseguito il programma.
Quindi, usando il comando di Windows "echo off", è possibile rimuovere la stampa della directory, ottenendo così un output notevolmente più pulito.
Purtroppo non è possibile rimuovere la stampa del comando per eseguire lo script (da quello che so).
In alternativa puoi mettere all'inizio dello script:
import os
os.system('cls') #comando per la pulizia della shell
... #your code
input() #funzione per mettere in pausa la shell; sostituibile con "os.system('pause')"
Altrimenti, potresti eseguire lo script direttamente da esplora file.