Non devi scegliere tra i due linguaggi, devi scegliere entrambi i linguaggi. A parte il fatto che sono abbastanza simili, ma sono anche il 90% delle richieste di lavoro.
Quelli che dicono che Java e' piu' pesante di C# (e viceversa ovviamente, ci sono detrattori su entrambi i fronti), semplicemente non ci capiscono un'acca.
Sono solo fesserie: i linguaggi non si valutano solo in base ai millisecondi, ma in base ad innumerevoli altri parametri.
Personalmente considero Java decisamente piu' elegante di C#, con IDE migliori. Ma chiunque conosca bene entrambe le piattaforme sa che si equivalgonoe ci sono pregi e diffetti in entrambe.
Comunque ricorda, conoscere uno o piu' linguaggi di programmazione e' solo lo 0.001% delle cose da sapere per saper programmare. Ci sono infinite altre cose da sapere, che non hanno nulla a che vedere con il linguaggio di programnazione.
Te ne accorgerai durante i tuoi studi.
Invece, se vuoi imparare un nuovo linguaggio di programmazione, studiati linguaggi associati ad altri paradigmi di programmazione, come Erlang ed Haskell.