Grazie
Andrea per l'indicazione.
Ho trovato la ~/.netbeans, solo che contiene 112 sottocartelle e 344 file
Allora ho cercato dei file di log e ho trovato il file:
messages.log
L'ho aperto e riportava vari messaggi di errore sul file:
~/.netbeans/7.3.1/config/Windows2Local/Modes/.nbattrs
che diceva essere in sola lettura e quindi non riusciva a rinominarlo.
Inoltre ho notato che l'owner di quel file era
root anziché
marco come tutti gli altri file.
Allora, l'ho cancellato e ora FUNZIONA!!!
Infatti Netbeans, alla successiva esecuzione ne ha creato un altro (con owner marco) e ora quando lo chiudo e riapro mi conserva le impostazioni relative ai programmi che avevo aperto!
Grande Andrea!