Ciao sono due linguaggi molto richiesti quindi qualsiasi scelta farai sarà azzeccata.
Devi comunque guardare oltre il linguaggio in sè.
Giusto a titolo di esempio, la maggior parte delle applicazioni sia web che desktop si connette e utilizza un database.
Fermo restando che potrai utilizzare diversi tipi di database, in genere con C# è richiesta la conoscenza di Sql Server. Con Java in genere ti verrà richiesta la conoscenza di Oracle o MySQL.
Il discorso si amplia se decidi di sviluppare in ambito web.
Ad esempio, se vuoi sviluppare per il web con c# andrai a realizzare applicazioni in ambiente ASP.NET e un buon programmatore web in questo caso conoscerà anche HTML, XHTML, CSS, Javascript, IIS, e buona parte delle problematiche legate al mondo web.
Sempre per quanto riguarda C# e altri linguaggi della famiglia Microsoft .Net, dovrai saper usare l'IDE ufficiale che è Visual Studio, sarebbe raro trovare un'azienda che sviluppa in .Net con altri IDE.
Sempre allargando il discorso, e credimi è sempre meglio tenerlo largo nel nostro settore, specie in questo periodo, se conosci Java passi facilmente a sviluppare applicazioni in ambito mobile per Android.
Se conosci C#, il passaggio logico è Windows Phone (che al momento è una nicchia di mercato ma che promette bene per il futuro, almeno questa è la mia sensazione).
Spero di averti dato informazioni utili che possano aiutarti a scegliere il tuo percorso di formazione.