Stai pasticciando i concetti.
IDE: Integrated Development Enviroment. Lo puoi pensare come notepad con gli steroidi. Serve per scrivere il codice. Puo' o meno avere integrato un tool per la progettazione della GUI e per l'associazione del codice con specifici eventi della GUI.
GUI: Graphics User Interfacce (Interfaccia Grafica per l'Utente). E' la parte visiva del programma, composta da form, dialog box, pulsanti, immagini, scrollbar, combobox, ecc.
Ci sono due modi per realizzarla:
1) totalmente da codice
2) con l'aiuto di un framework (una libreria), dove l'interfaccia utente la descrivi mediante un file XML, in cui descrivi dove stanno i vari controlli, e le operazioni che devono essere attivate a fronte di specifici eventi. Ma e' solo una variante del punto 1).
Uno bravo puo' fare tutto con il solo IDE. L'uso di un tool per la progettazione della gui, comunque, semplifica di molto la progettazione della stessa. Uno bravo le usa entrambe E quando il tool non permette di fare quello che si vuole, si passa al metodo 1) .
Per Java c'e' di tutto, e di piu'!