Ciao,
purtroppo wordpress per metterci le mani devi studiartelo per bene altrimenti non vai da nessuna parte.
Detto questo nella maggior parte dei casi non devi modificare i file di installazione di wordpress.
Scelto il template, ti fai un template-child ed è quello che modifichi a tuo piacimento.
Se devi creare dei componenti particolari li fai sotto forma di plugin.
Ricordati di disattivare la cache altrimenti non vedi le modifiche fatte.
Per la documentazione delle funzioni:
http://codex.wordpress.org/it:Riferimento_funzion