Ciao, tieni conto che uso Atom solo per fare formazione quando devo trattare argomenti come html e css.
Ho la tua stessa versione installata ma non ho riscontrato il problema di cui scrivi.
Hai verificato se quando si blocca il salvataggio, in realtà il file è in lock esclusivo? Eventualmente usa un software tipo Process Explorer
https://docs.microsoft.com/it-it/sysinternals/downloads/process-explorer per capire se ti trovi in questa situazione e sbloccarlo.
Detto questo html è solo testo, puoi usare altri strumenti per l'editing.
Puoi usare notepad++ ad esempio o un ide