Ti fai una select che ti ritorni i record con provincia a vuoto o null (dipende dalle tue impostazioni), cicli i record e per ogni record fai una modifica.
$sql = "Select * from table where provincia is null or provincia = ''";
$queryId = mysql_query($query, $link);
while($row->mysql_fetch_row ( queryId )){
$sql = "Update table set provincia = '" . $row["comune"] . "' Where progr = " . $row["progr"];
$queryId = mysql_query($query, $link);
}
non è bello, ma è la soluzione più semplice