Si, certo che è possibile.
Il PHP lavora dalla parte server-side quindi è possibile scrivere tutto quello che vuoi sopra l'html e sopra il javascript. (Quindi è possibile anche passara variabili da PHP al Javascript).
Ora.. se scrivi $numeroutente=1; questa variabile sarà un numero, una variabile di tipo intero.
se scrivi $numeroutente="utente01"; (con le doppie o singole apici) sarà una stringa da inserire dove vuoi come stringa (e quindi non poter fare somme).
Per inserire una stringa in un codice html o js basta fare:
$numeroutente="utente01";
<iframe name="I11" id="I11" src="file/<?php echo "$utente01"; ?>.php" style="width: 700px"></iframe>
oppure tramite la forma contratta:
<iframe name="I11" id="I11" src="file/<?= $utente01 ?>.php" style="width: 700px"></iframe>
ATTENZIONE: se scrivi echo $utente01; oppure echo "$utente01"; non avrai problemi, ma se scrivi echo 'del testo $utente01'; (con singole apici) riscontrerai dei problemi, poichè per inserire la variabile dovrai utilizzare echo 'del testo'.$utente01.' altro testo';
Spero di esserti stato d'aiuto.