Non proprio. Il link alla home è corretto, ma gli altri funzionano solo se nella directory corrente ci sono le sotto cartelle "customer/clienti.php" ecc..
Se vuoi un qualcosa di utilizzabile ovunque ti conviene fare così:
<a href="/index.php">Home</a>
<a href="/customer/clienti.php">Clienti</a>
<a href="/pdf/fatture.php">Fatture</a>
Questo codice funziona se hai una directory fatta in questo modo:
www
|-- index.php
|-- customer
|-- clienti.php
|-- pdf
|-- fatture.php
Tramite gli url relativi alla cartella root hai il vantaggio di poter usare lo stesso codice in qualunqua file, ma lo svantaggio di dover conoscere tutti i percorsi..