Ciao,
se lo script viene eseguito da browser, la chiusura del browser, riavvio PC termineranno l'esecuzione dello script. Considera pure che c'è un limite di 30 sec. impostato nel php.ini che può essere alzato.
Se invece lo script viene eseguito da riga di comando, ossia tramite l'interprete PHP, l'esecuzione prosegue fino alla fine a meno che il server venga riavviato. Per task molto lunghi conviene la riga di comando.