Connettersi a database diversi è un'operazione tra le più comuni, e le più convenienti (in certi casi sono vitali!) tant'é che persino in Access è permesso interrogare tabelle di più database, purché siano entrambi dello stesso tipo.
Non c'è alcun valido motivo per dire che:
è meglio non farlo.
In SQL Server, invece, è tranquillamente possibile creare anche dei LINKED server per connettersi a database anche di tipo differente, ad esempio Oracle.
Nelle interrogazioni è possibile fare dei JOIN diretti semplicemente anteponendo il nome del database al nome della tabella, esempio semplificativo:
SELECT tabella1.campodb1, tabella2.campodb2
FROM db1.dbo.tabella1
INNER JOIN db2.dbo.tabella2 ON db1.dbo.tabella1.ID = db2.dbo.tabella2.ID