Ogni checkbox ha un id e un balore binario (true - false) a seconda che sia o meno segnata. Quindi quando invii i form nella pagina di invio potrai usare qualcosa del tipo:
($_REQUEST['id_checkbox']) ? query_per_true : query_per false
In particolare se i campi del db in cui devi inserire i dati della checkbox sono anch'essi binari (o int), puoi già settare il loro valore di default a 0, così sostituisci l'operatore ternario con un semplice if che esegue la query solo se la checkbox è spuntata.
ciao