Non ti seguo.
In genere si fa cos'ì:
1. Installi MySQL Sever
2. Per velocizzarne la gestione nella tua macchina di sviluppo installi MySQL Workbench
3. Installi MySQL Connector/Net
4. Crei il database da MySQL Workbench
5. Da Visual Studio->Server Explorer->Data Connection->Add Connection crei la connessione al database e da li in poi riesci a gestirlo con Visual Studio.
6. Per utilizzarlo per il tuo progetto puoi usare varie strade: Entity Data Model, altri ORM, Dataset, ecc