Si, adesso ho capito benissimo, visto che ti sei spiegato meglio...
Wow! veramente strano e curioso, anche se sappiamo bene che in informatica non c'è mai da stupirsi di niente...
Come tecnico ventennale, non mi è mai capitato, di imbraccio mi verrebbe di pensare alla corruzione della gestione del 'File-System' o una sorta di virus...?!
Che S.O. hai ?
Hai provato a ripristinare il sistema ad una data in cui ti funzionava tutto bene...?
Le applicazioni vengono eseguite normalmente...?
Ti fa uguale anche in modalità provvisoria ?
Se parti da prompt del DOS e crei un file da DOS, dopo ce lo trovi...?
Se parti con un FD/Chiavetta/CD di Boot (es. Windows ERD Internal), e provi a creare un file nel tuo C: o F:, dopo ce lo ritrovi...?!
A distanza si fa male, lo sappiamo bene...
Io proverei anche a togliere l'HD, metterlo in altro PC o in una interfaccia per trasformarlo Disco USB e poi da altro PC proverei a passare uno Scandisk profondo o programmi per ripeistino sistema e anche scansioni.
Se il tuo SO è XP, prova ad eseguire 'Combofix'...
http://combofix.softonic.it
Per ora non mi viene in ment altro.
Buona giornata.