Ciao uso anche io Mozilla Thunderbird ma lascio la posta indesiderata sui singoli account.
Comunque sia prova a fare cosi:
Vai nelle cartelle globali e crei la cartella "posta indesiderata".
Successivamente vai in impostazione account -> l'account che ti interessa -> posta indesiderata -> metti il flag su "sposta posta indesiderata in" -> selezioni "Altra" -> assegni la cartella "posta indesiderata" precedentemente creata su cartelle globali.
Prova e fammi sapere.