Ciao Roby, buona Domenica anche a te!
Ho letto le tue riflessioni e fermo restando che entrambe le tecnologie andrebbero bene, ti confermo che la scelta 2 è la migliore.
Le interfaccie utente dei gestionali sono sempre ricche di elementi quindi per velocità di sviluppo, prontezza di risposta e stabilità meglio un'interfaccia desktop che web.
Se un domani devi rendere il sistema accessibile all'esterno della tua rete, non è detto che devi implementare una nuova interfaccia web, ti basta implementare un Web Service.
Puoi benissimo utilizzare quest'architettura stratificata:
(lato client)
Lev 1. GUI: Windows Form - WPF
(lato server)
Lev 1. Web Service o WCF
Lev 2. Business Logic
Lev 3. Data Access Layer
Lev 4. Database
Per quanto riguarda il database puoi usare sia SQL Server che MySQL, nel secondo caso se usi MS .Net dovrai integrare nella soluzione il connettore per piattaforma .Net:
http://dev.mysql.com/downloads/connector/net
Per qualsiasi dubbio chiedi pure, un saluto