Vedo che questo post non ha avuto risposta ... ma se il proprietario è ancora interessato perchè non ha ancora risolto, proviamo a darne una utile a tutti.
La risposta è naturalmente si, ma come? E' sufficiente creare un nuovo progetto o utilizzare uno dei due da unire, e quindi procedere ad "unire" al progetto gli elementi (classi, reference, ecc.) dell'altro.
Prima di lavorare sulla solution, procedere a fare lo spostamento via FileSystem.
In questo modo, banalmente, si otterrà un solo progetto compilabile e quindi un solo eseguibile. Il problema è che le funzionalità esposte dalle varie classi non si integrano tra di loro e il punto di accesso adesso è uno solo.
Sarà onere del programmatore far si che tutte le fasi di avvio e inizializzazione , che prima erano separate nei due moduli, ora vengano processate all'avvio da un'unica chiamata (main constructor, main form, ecc) ... e che le varie classi si parlino interfacciandosi dove serve ...