Ciao il database ti salva il valore 1 perché 001 = 1 e quindi per lui non avrebbe senso tenere traccia anche dei due zeri.
Per ovviare alla tua esigenza potresti utilizzare nel database una campo testuale al posto di quello numerico.
Ovviamente ogni volta che usi matematicamente il dato, lo devi convertire in numerico.
Ciao