Se usi una form MDI come "contenitore" delle finestre figlio puoi semplicemente definire la proprietà MDIList a true del menu. Se invece è un applicazione a finestre "separate" (SDI) allora devi gestire "a mano" l'inserimento della voce di menù quando si apre e la rimozione di quando viene chiusa.
Visual Studio (e anche office) sono ambienti MDI.
HTH
Marco
Ps. Usando il menù strip di Vs2005 non c'è la proprietà MDIList.