Inserisci il ginput in un ciclo for...
for i=1: m
p=ginput(4) %dato che deve prendere 4 punti alla volta
% codice per ritagliare l'immagine in base al centro dei 4 punti
end
dato che il ciclo sovrascriverebbe di volta in volta l'immagine devi fare in modo di salvare quelle precedenti.
Se le immagini hanno tutte la stessa dimensione puoi usare una matrice tridimensionale, se hanno dimensioni diverse devi usare una struttura.