Ci sono molti modi per risolvere il tuo problema, motlo, tutto, dipende dal tipo di tool che stai costruendo.
La cosa più utile è costruire un'interfaccia grafica che non solo consenta di inserire i dati di input, ma permetta di visualizzare gli output sia in formato numerico che tramite grafici (in base allo scopo del tool).
Potresti creare un'interfaccia grafica (una GUI) con il tool di MatLab Guide (si lancia con il comando "guide") o, se hai una versio ne recente di MatLab con il tool AppDesign.
Se ti serve solo un'interfaccia semplice per l'inserimento degli input puoi usare la funzione "inputdlg" ()
La funzione ritorna un cellarray di caratteri, ma nella documentazione on-line ci sono le istruzioni per la conversione in "numeri" (
https://it.mathworks.com/help/matlab/ref/inputdlg.html#d120e619804).