La cosa più semplice che puoi fare è sostituire, con la funzione "strrep" i caratteri "p" e "v" della stringa in input con due spazi bianchi; quindi, convertire a stringa rimanente in numeri con la funzione "str2num".
Questo ti restituisce, in un vettore di due elementi, i due numeri.
Quello che non devi fare è cercare di creare, in modo automatico, due variabili per memorizzare i due numeri, puoi direttamente lavorare con il vettore.
Se proprio vuoi creare due variabile, ti conviene farlo "esplicitamente" assegnando ad ognuna uno dei valori del vettore.
file=input('Inserire nome file:','s');
vettore_valori=str2num(strrep(strrep(file,'p',' '),'v',' '))
var_1=vettore_valori(1)
var_2=vettore_valori(2)
A questa semplice soluzione, dovresti aggiungere de controlli sulla stringa di input in modo da verificare che sia stata inserita nel formato atteso.