Dovresti aggiungere qualche dettaglio sul formato delle tabelle / matrici:
[*] sono definite all'interno di un database e vi accedi con delle query?
[*] sono memorizzate in files di testo?
[*] contengono solo dati numerici od anche stringhe di testo?
avere un esempio di tabella / matrice sarebbe utile per poterti dare una risposta dettagliata.
Nel frattempo, se le tabelle / matrici sono definite in un file di testo, le puoi importare all'interno del Worksapce di MatLab con diverse funzioni per la lettura dei files; ad esempio: import dlmread, load, textsacn, csvread, ed altre.
Una volta caricate nel Workspace le puoi passare come parametro alla funzione.