Ho provato ad eseguire il codice che hai pubblicato e, almeno la riga con "I parametri utilizzatino sono: " e le linee vuote che la precedono e seguono vengono scritte correttamente.
Per caso usi Linux?
Con quale programma apri il file di testo in output?
Con l'editor di MatLab, come ho scritto sopra, gli "a capo" vengono riportati correttamente; al contrario, aprendo il file con il "vecchio" NotePad (non "NotePad++") gli "a capo" non vengono rispettati.
Puoi provare ad aggiungere "\r" nel "format" di "fprintf":
fprintf('\r\n Inserire il nome del file di log, comprensivo di estensione, tra apici es: ''Nome file.txt''\r\n')
nomelog=input('Nome file: ');
f1=fopen(nomelog,'w+');
fprintf(f1,'\r\n I parametri utilizzatino sono: \r\n');
fprintf(f1,'\r\n')
fclose(f1)