La domanda non è chiara.
Se i due array "y" e "ss" hanno lo stesso numero di elementi, non è chiaro perché vuoi utilizzare due cicli for (apparentemente annidati), ne dovrebbe bastare uno solo nel quale si accede ai due arra con lo stesso indice
Se i due array non hanno lo stesso numero di elementi, non sarà possibile garantire sempre la possibilità di accedere ai vettori in quanto, ad un cero punto, si cercherà di accedere ad una locazione di uno dei due array "out of bound".
Dovresti chiarire quale sia la dimensione dei due array e la parte rilevante del codice al quale stai lavorando: si tratta di cicli annidati?