Mi rispondo da solo, dopo una giornata passata a cercare, nel caso in cui qualcuno avesse il medesimo problema.
Simulink, per non sovraccaricare il programma di dati, prende SOLO gli ultimi 5000 campioni, ed il plot dato dallo scope, di default, fa vedere solo questi ultimi 5000 campioni!
Come risolvere il problema? io ho trovato questa guida online dell'ing. Pisano
il problema, in particolare, è trattato alle pagg 23, 24 e 25.
Per chi non volesse andarsi a leggere la dispensa, spiego io cosa fare:
1. in alto a sinistra del grafico cliccare sul menu 'Parameters'
2. si aprirà una piccola finestra con tre sottomenù: andare in 'Data History'
3. disselezionare la prima casella 'Limit data points to last'
Ora, dopo aver ripetuto la simulazione, facendo doppio clik sullo scope (ed eventualmente avendo selezionato l'autoscale) si dovrebbe ottenere il grafico voluto!
Spero di esser stato utile a qualche novellino come me