Assumendo che tutti gli script che vuoi eseguire siano all'interno di cartelle inserite nel path di MatLab e che gli script in cartelle diverse abbiano nomi diversi tra lo, una possibile, semplice soluzione potrebbe essere creare uno "switch" che, n base all'input dell'utente chiami lo script desiderato.
Non mi è chiaro se quello che chiami "master" sia uno script generico dal quale partire o specifico per ogni "elemento", ma, di principio, potresti provare ad utilizzare (come ho detto non saprei in quale dei tuoi script inserire questo codice)
Questa è una versione semplificata, dovresti aggiungere una serie di controlli per verificare la validità dell'input ecc.
% Richiesta del nome dell'elemento
el=input('Inserire nome elemento: ','s')
% Switch per la selezione dello script da attivare
switch(el)
case 'metano'
metano
case 'butano'
butano
otherwise
disp('Input non valido')
end