Quello che tu dici io l'ho fatto per immagini normali (jpeg), ho tagliato e ridimensionato in modo semplice usando le funzioni di MatLab, ho scritto un codice che ancora adesso uso in quanto ogni giorno devo ritagliare e ridimensionare circa 100 immagini quindi con MatLab faccio tutto in automatico...
Per quanto riguarda il 3D ti potrei dire di considerare ogni faccia come a se stante. In un cubo hai sei immagini, le carichi in sei variabili differenti (per esempio im1, im2, ..., im6) le tagli e le ridimensioni usando le funzioni già implementate in MatLab.
Una volta fatto ciò per la visualizzazione dovresti ruotare ogni singola immagine di una quantità che dipende dall'immagine, mi spiego meglio, la faccia centrare non va ruotata, quelle laterali di 90° intorno a Z (supposto z diretto dal basso verso l'alto) quella di dietro va ruotata di 180° rispetto a z e quelle di sopra e sotto vanno ruotate di 90° rispetto a x (supposto da destra a sinistra). Fatto ciò puoi plottarle tutte quante in un grafico che sarebbe cmq in 2D quindi non 3D...
non mi viene in mente niente altro,
Cosa più importante non so se MatLab ti faccia ruotare le immagini in piano ad esse non complanari....