Non c'è "un codice MatLab che gestisca più files insieme".
Si può creare una lista dei files Excel da processare.
Si può creare quindi un loop nel quale, ad ogni iterazione, viene letto uno dei files Excel della lista ed il suo contenuto viene caricato in una o più matrici / cellarray, o altre strutture dati.
Sui dati memorizzati in queste strutture dati si possono fare una serie infinita di operazioni ed al termine si possono salvare negli stessi files Excel od in altri.
Un'alternativa da considerare è quella di creare delle macro in Excel d applicarle ai files che vuoi modificare.
In tutto questo, il sapere che i dato dei files Excel sono relativi alla potenza del vento e del Sole su diverse locations, non serve a molto.
Se non specifichi qual è la struttura dei files Excel (quanti fogli?, quante colonne, cosa contengono le colonne, ...) e quali operazioni vuoi fare ... non si può dire nè aiutarti di più