Sinceramente non vedo il vantaggio di usare un linguaggio di programmazione che conosci poco (come hai scritto) per un semplice grafico.
Nell'esempio di file di input sembrano esserci solo i valori delle ascisse a meno che le ordinate non siano i valori nella prima colonna.
Non è chiaro se / come l'informazione "con i valori del condizionamento di determinate matrici" debba influenzare il grafico
Comunque.
La cosa più semplice che puoi fare è:
[*] leggere il file di input con la funzione
textscan
Per farlo devi prima aprire il file in "lettura" con la funzione
fopen e chuderlo al termine della lettura con la funzione
fclose
Per leggere il file, come parametro della funzione "textscan" devi indicare il formato.
La funzione "textscan" ritorna un cellarray con quanto letto ne file di inoput, per semplicità puoi convertirlo in un array
[*] Plottare i valori con la funzione
plot