Se non ho capito male, si tratta semplicemente di traslare i valori di uno dei due grafici.
Se è così, per traslare il secondo grafico affinchè il suo punto di inizio sia lo stesso di quello del primo grafico, è sufficiente calcolare la differenza tra i primi due punti delle ascisse e delle ordinate dei due set di dati e sottrarre questa ai valori del secondo grafico.
Una possibile implementazione potrebbe essere:
% Definizione dei punti del prio grafico
x1=1:360;
y1=cosd(x1);
% Definizione dei punti del prio grafico
x2=45:450;
y2=-2*sind(x2);
% Plot dei due grafici
plot(x1,y1);
hold on
plot(x2,y2);
% Calcolo della differenza delle X e Y del primo punto
delta_x=x2(1)-x1(1)
delta_y=y2(1)-y1(1)
% TRaslazione del secondo grafico nel punto di inizio del primo grafico
y22=y2-delta_y;
x22=x2-delta_x;
% Plot dei due grafici
figure
plot(x1,y1,x22,y22);
% Stesso procedimento, ma "animato"
figure
plot(x1,y1);
min_x=min([x1,x2])
max_x=max([x1,x2])
min_y=min([y1,y2-delta_y])
max_y=max([y1,y2-delta_y])
set(gca,'xlim',[min_x max_x],'ylim',[min_y max_y])
hold on
step_x=delta_x/10;
step_y=delta_y/10;
for i=1:10
hp=plot(x2-step_x*i,y2-step_y*i,'r');
set(gca,'xlim',[min_x max_x],'ylim',[min_y max_y])
pause(.3)
delete(hp)
end