Non c'è motivo di scusarsi
Leggendo le poche informazioni disponibili in non si capisce se siano disponibili dei valori di default per le opzioni e se siano disponibili dei files di configurazione del programma.
Bisognerebbe leggere, se disponibile, il manuale del programma o un qualche "help".
Bisognerebbe anche "vedere" come, lanciato da MatLab , devono essere specificate le opzioni, ma non ho il programma in questione.
Se, lanciato da DOS, le opzioni devono essere specificate in un modo simile a questo:
C:\>GTPPLOT -opzione_1 abc -opzione_2 file.txt
FORSE (e sottolineo FORSE) si potrebbe provare a costruire, in MatLab la riga di comando completa:
dos('GTPPLOT -opzione_1 abc -opzione_2 file.txt')
... a tuo rischio e pericolo
Hope this helps.