Ti interessano solo i punti che hanno una distanza inferiore a 10 da tutte le 3924 rette?
Se è così forse questo ti può tornare utile.
%% matrice coodrinate
matr_coord=randi(40,5855,2);
%% matrice delle distanze, se la tua è una matrice 3924x5855 fai una trasposta della tua
matr_dist=randi(40,5855,3924);
%%% trovo le distanze che rispettano la condizione richiesta
matr_dist_log=matr_dist<10;
%%% creo la matrice che contiene le coordinate dei punti la cui distanza da ogni retta è inferiore a 10
Matr_output=matr_coord(find(all(matr_dist_log==1,2)),:);
Spero di aver inquadrato il problema.