La cosa più semplice che puoi fare è usare al funzione "plot3":
[*] specifica le coordinate del punto
[*] scegli come marker o (la lettera "o")
[*] assegna un colore al marker con l'opzione "markerfacecolor"
Prima della chiamata alla funzione plot3 devi settare "hold on" in modo che il punto venga aggiunto alla superficie che hai già plottato.
In alternativa potresti plottare un segmento, sempre con la funzione plot3.
Di seguito una possibile implementazione:
[x,y,z]=peaks(33);
surf(x,y,z)
hold on
plot3(x(23,23),y(23,23),z(23,23),'o','markerfacecolor','r')
plot3([x(13) x(13)],[y(13) y(13)],[-10 10],'-','linewidth',3,'color','r')