La domanda non è chiara, dipende molto, tutto, da come intendi utilizzare, nel seguito del codice, i nodi e le coordinate.
Dal momento che, stando ai dati ed all'esempio che hai pubblicato, le linee hanno un identificativo "inizio - fine" sequenziale che corrisponde all'ordine delle righe della nodi, l'associazione è praticamente automatica.
Per accedere, ad esempio, le coordinate "inizio - fine" della terza linea (che dovrebbe corrispondere alle righe 2 e 4 della matrice "nodes") è sufficiente:
coord_inizo=nodes(lines(3,1),:)
coord_fine=nodes(lines(3,2),:)
Per il caso generale, puoi definire una variabile che identifichi il numero della linea:
linea_id=4
coord_inizo=nodes(lines(linea_id,1),:)
coord_fine=nodes(lines(linea_id,2),:)