Dopo così tanto tempo il problema sarà stato risolto, ma forse, nel frattempo, qualcuno si è trovato nella stessa situazione od in una simile.
A volte la soluzione è a portata di mano, ma non si riesce a "vederla".
La soluzione è molto semplice: se, come si evince dalla domanda, la lettura del file con il formato "%f" è andata a buon fine, quindi abbiamo, nel workspace una matrice (es. M) con i valori contenuti nel file di testo.
A questo punto il grosso del lavoro è fatto.
Per "eliminare" la parte decimale ed ottenere una matrice con solo valori interi (es. M_int), è sufficiente usare,a seconda del tipo di arrotondamento si desidera, una delle seguenti funzioni: floor, ceil, fix, round.
Hope this helps.