Non ho ben capito cosa devi fare, però se il file .m ti richiede come input le coordinate x,y e z tali coordinate avranno di certo un nome all'interno del codice (che potrebbe tranquillamente essere x,y z o x1,y1 e z1 ecc).
Nel caso in cui la coordinata x viene identificata con la variabile che x o x1 o pippo, basta scrivere nel command window:
x=10;
oppure
x1=10;
oppure
pippo=10;
e premere invio. Ovviamente il numero 10 indica la coodinata X che devi inserire!