E' possibile, e anche abbastanza complicato
Concettualmente, quello che deve essere fatto e' REDIRIGERE lo STDOUT del processo batch (lanciato dal PROCESSO Java) verso un STREAM del processo Java: questo stream e' detto PIPE.
Dalla PIPE (che e' uno stream in INPUT per il processo Jana ed in OUTPUT per il processo Bash) puoi leggere la stringa che ti i nteressa e la processi come ti serve (in questo caso la converti in un intero)
Devi studiarti come funziona "Commons Exec" del progetto Apache:
https://commons.apache.org/proper/commons-exec