Ciao e benvenuta tra noi
presuppongo hai usato la funzione window.open('http://...,'nome', 'status=yes,toolbar=no,width=500,height=50')
Personalmente mi sono accorto che su IE l' altezza minima che si può impostare su una popup é 100 Pixel.
Se trovi un metodo alternativo fammi sapere, ciao.