Non conosco bene la sintassi di php, ma per farlo basta che assegni dinamicamente la path dei banner, cambiandola ogni volta che si genera la pagina con una sequenza o random...
il cambio di banner però avviene ad ogni "reload" della pagina (che volendo puoi forzare ogni tot di secondi), se invece vuoi che cambino senza che la pagina venga ricaricata credo che l'unico modo sia in javascript...
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Lasso, MySQL & Apache