Ciao! Il problema di quel codice è che ogni volta che fai il submit della form lui ti crea la tabella sulla base del file (o dei file, se più di uno) che gli stai inviando in quel momento. In questo modo, quindi, non viene mantenuto uno "storico" di quelli che sono i file..
Secondo me puoi risolvere la cosa in 2 modi: ti salvi i file sul server in modo da sapere quali e quanti file ha caricato l'utente (in questo modo, però, devi gestire l'associazione file/utente), oppure fai tutto da javascript invece che da php..