Una buona/ottima libreria e'
ImageMagick:
ed il suo wrapper in Java
JMagick
http://sourceforge.net/apps/mediawiki/jmagick/index.php?title=Main_Page
Forse un po' ostiche per chi e' alle prime armi.
Alternative:
ImageJ
La libreria standard di java non mette a disposizione grandi elaborazioni.
Implementare i filtri direttamente in Java, per immagini di una certa dimensione, non e' molto efficiente, a meno di non passare a Java8 con il nuovo supporto alle operazioni vettoriali.
Generalmente quello che si fa e' usare una libreria Java per la lettura dell'immagine, implementare i filtri in C e richiamarli da Java
Comunque di libreria per l'elaborazione delle immagini per Java su Internet ne trovi un bel po'