Potresti farlo in due modi, o assegni ad ogni classe il relativo file mandando poi in esecuzione il main, oppure potresti inserire la classe Quadrato come classe interna (specificandola come private static) della classe NomeClasse1, in questo modo le classi stanno in un unico file
cioè così
import java.util.*;
public class NomeClasse1 {
public static void main(String[] args) {
Scanner scanner = new Scanner(System.in);
int l,p,a;
System.out.print("inserisci il valore del lato: ");
l=scanner.nextInt();
Quadrato q=new Quadrato(l);
p=q.perimetro();
a=q.area();
System.out.println("il perimetro è: "+p);
System.out.println("l'area è: "+a);
}
private static class Quadrato{
int lato;
public Quadrato(int l){
lato=l;
}public int perimetro() {
int p=lato*4;
return p;
}public int area(){
int a=lato*lato;
return a;
}
}
}
spero di esserti stato utile