Il problema sta nel fatto che nel tuo programma la variabile "sequenza" non è mai utilizzata in lettura, e quindi ti viene segnalato che quella variabile è, di fatto, inutile. Quello che ottieni, infatti, non è un errore ma un warning che ti avvisa del fatto che stai "sprecando" 4 byte.
Per risolvere questo "problema" devi semplicemente eliminare la variabile "sequenza" dal tuo programma, modificando anche le istruzioni all'interno del while in questo modo:
while (!Lettore.in.eoln()) {
Lettore.in.leggiInt();
contatore = contatore + 1;
}
La condizione del while, infatti, si basa sul fatto che il lettore non sia arrivato alla fine della riga, ovvero che non abbia letto il carattere "\n".
L'unico modo che hai per far "avanzare" questo lettore è l'utilizzo del metodo "leggiInt()" (in realtà immagino che ce ne siano altri, come "leggiDouble()", "leggiChar()", ecc..).
Quindi il motivo per cui usi questo metodo è solo per avanzare nella lettura, e non per ottenere effettivamente il numero che inserisci, per cui non ti serve sapere il valore restituito da tale metodo (cosa che ti servirebbe, ad esempio, per sommare i numeri che inserisci da tastiera).